Using of BLAST information technology for searching microorganisms, potential producers of biogenic magnetic nanoparticles which lead to heart diseases

Authors

DOI:

https://doi.org/10.31649/1681-7893-2023-46-2-117-123

Keywords:

BLAST information technology, protein alignment, heart disease

Abstract

With the help of BLAST information technology, the alignment of MTB proteins with the proteins of pathogenic and conditionally pathogenic microorganisms, causative agents of heart diseases in humans, was carried out using the methods of comparative genomics.

Author Biographies

I. A. Mezhiievska, National Pirogov Memorial Medical University, Vinnytsia

к.м.н, доцент кафедри внутрішньої медицини No. 3

S. V. Pavlov, Vinnytsia National Technical University

д.т.н., професор кафедри біомедичної інженерії та оптико-електронних систем

G. B. Kashaganova, Almaty Technological University

Доктор  Ph.D.  асоційований професор, Інститут автоматики та інформаційних технологій, Кафедра Електроніки, телекомунікації та космічних технологій

V. Yu. Maslovskyi, National Pirogov Memorial Medical University, Vinnytsia

д.м.н, доцент кафедри внутрішньої медицини No. 3

D. Kh. Shtofel, Vinnytsia National Technical University

к.т.н., доцент кафедри біомедичної інженерії та оптико-електронних систем

O. S. Volosovych, Vinnytsia National Technical University

магістр, аспірант кафедри біомедичної інженерії та оптико-електронних систем

References

Yang X., Gokulnath P., Lehmann H. I., & Shang H. RNA modifications in aging-associated cardiovascular diseases. Aging (Albany NY). 2022 Sep 29;14(19):8110-8136. doi: 10.18632/aging.204311. Epub 2022 Sep 29. PMID: 36178367; PMCID: PMC9596201.

Ammirati, E., Frigerio, M., Adler, E. D., & Camici, P. G. (2020). Management of Acute Myocarditis and Chronic Inflammatory Cardiomyopathy: An Expert Consensus Document. Circulation. Heart failure, 13(11), e007405. https://doi.org/10.1161/CIRCHEARTFAILURE.120.007405

Lampejo, T., Durkin, S. M., Bhatt, N., & Guttmann, O. (2021). Acute myocarditis: aetiology, diagnosis and management. Clinical medicine (London, England), 21(5), e505–e510. https://doi.org/10.7861/clinmed.2021-0121

Tschöpe, C., Cooper, L. T., Torre-Amione, G., & Van Linthout, S. (2019). Management of Myocarditis-Related Cardiomyopathy in Adults. Circulation research, 124(11), 1568–1583. https://doi.org/10.1161/CIRCRESAHA.118.313578

Iung B. (2019). Endocardite infectieuse. Épidémiologie, physiopathologie et anatomopathologie [Infective endocarditis. Epidemiology, pathophysiology and histopathology]. Presse medicale (Paris, France : 1983), 48(5), 513–521. https://doi.org/10.1016/j.lpm.2019.04.009

Vogkou, C. T., Vlachogiannis, N. I., Palaiodimos, L., & Kousoulis, A. A. (2016). The causative agents in infective endocarditis: a systematic review comprising 33,214 cases. European journal of clinical microbiology & infectious diseases : official publication of the European Society of Clinical Microbiology, 35(8), 1227–1245. https://doi.org/10.1007/s10096-016-2660-6

Thompson, G. R., 3rd, Jenks, J. D., Baddley, J. W., & Hoenigl, M. (2023). Fungal Endocarditis: Pathophysiology, Epidemiology, Clinical Presentation, Diagnosis, and Management. Clinical microbiology reviews, 36(3), e0001923. https://doi.org/10.1128/cmr.00019-23

Victoria Delgado, Nina Ajmone Marsan, Suzanne de Waha, & Michael A Borger, ESC Scientific Document Group, 2023 ESC Guidelines for the management of endocarditis: Developed by the task force on the management of endocarditis of the European Society of Cardiology (ESC) Endorsed by the European Association for Cardio-Thoracic Surgery (EACTS) and the European Association of Nuclear Medicine (EANM), European Heart Journal, Volume 44, Issue 39, 14 October 2023, Pages 3948–4042, https://doi.org/10.1093/eurheartj/ehad193

Pertsemlidis A; Fondon JW (2001). “Having a BLAST with bioinformatics (and avoiding BLASTphemy)”. Genome Biology. 2 (10): reviews2002.1. DOI:10.1186/gb-2001-2-10-reviews2002. PMID 11597340.

Altschul SF; Gish W; Miller W; Myers EW; Lipman DJ (1990). “Basic local alignment search tool”. Journal of Molecular Biology. 215 (3): 403—410. DOI:10.1016/S0022-2836(05)80360-2. PMID 2231712.

Boratyn GM; Schäffer AA; Agarwala R; Altschul SF; Lipman DJ; Madden TL (2012). “Domain enhanced lookup time accelerated BLAST”. Biology Direct. 7: 12. DOI:10.1186/1745-6150-7-12

S.V. Gorobets, O.Yu. Sparrow, K.O. Butenko. Potential producers of biogenic magnetic nanoparticles among pathogenic and opportunistic microorganisms, , Innov Biosyst Bioeng, 2018, vol. 2, no. 1, 33–41 doi: 10.20535/ibb.2018.2.1.127260

Gorobets SV, Gorobets OYu. Function of biogenic magnetic nanoparticles in organisms. Functional Mater. 2012;19(1):18-26. DOI: 10.1002/adfm.v22.24

Gorobets SV, Gorobets OYu. Biomineralization of biogenic magnetic nanoparticles and their possible functions in cells of prokaryotes and eukaryotes. In: Dekker Encyclopedia of Nanoscience and Nanotechnology. 3rd ed. Taylor&Francis; 2014. p. 300-6.

Downloads

Abstract views: 140

Published

2023-12-13

How to Cite

[1]
I. A. Mezhiievska, S. V. Pavlov, G. B. Kashaganova, V. Y. Maslovskyi, D. K. Shtofel, and O. S. Volosovych, “Using of BLAST information technology for searching microorganisms, potential producers of biogenic magnetic nanoparticles which lead to heart diseases”, Опт-ел. інф-енерг. техн., vol. 46, no. 2, pp. 117–123, Dec. 2023.

Issue

Vol. 46 No. 2 (2023)

Section

Biomedical Optical And Electronic Systems And Devices

Metrics

Downloads

Download data is not yet available.

License

Автори, які публікуються у цьому журналі, погоджуються з наступними умовами:

  1. Автори залишають за собою право на авторство своєї роботи та передають журналу право першої публікації цієї роботи на умовах ліцензії Creative Commons Attribution License, котра дозволяє іншим особам вільно розповсюджувати опубліковану роботу з обов'язковим посиланням на авторів оригінальної роботи та першу публікацію роботи у цьому журналі.
  2. Автори мають право укладати самостійні додаткові угоди щодо неексклюзивного розповсюдження роботи у тому вигляді, в якому вона була опублікована цим журналом (наприклад, розміщувати роботу в електронному сховищі установи або публікувати у складі монографії), за умови збереження посилання на першу публікацію роботи у цьому журналі.
  3. Політика журналу дозволяє і заохочує розміщення авторами в мережі Інтернет (наприклад, у сховищах установ або на особистих веб-сайтах) рукопису роботи, як до подання цього рукопису до редакції, так і під час його редакційного опрацювання, оскільки це сприяє виникненню продуктивної наукової дискусії та позитивно позначається на оперативності та динаміці цитування опублікованої роботи (див. The Effect of Open Access).